В Adobe Photoshop CS6, когда использую штамп и нажимаю Alt вместо выбора области клонирования просто двигается слой.

да, есть такой глюк при длительной работе и не только на штампе, но и на лечащей кисти. Пользуйся левым альтом. После перезагрузки программы это исчезает, по крайней мере у меня. Бывает еще отображение кисти (т. е. любого инструмента) меняется с круга на крестик. до перезагрузки можно зайти в настройки и поменять настройки кисти наоборот. Бывает, что эти проблемы через какое-то время исчезают и без перезагрузки.