Жена подала док. в ПФР для перехода на пенсию мужа. Ей отказали т. к. с ней прописан сын и у него хороший доход.

"Переход на пенсию умершего мужа"- нет такого понятия. В некоторых случаях пенсионерка может оформить пенсию по потере кормильца. Рассматривается индивидуально каждый случай. В данном случае отказали, потому что остался еще один кормилец-сын, который обязан содержать престарелых родителей.

был ли покойный военнослужащим? И с самого начала - вопрос-то в чем состоит?

Вообще не понятно не чего: жена -это кто, вдова? Умерший какую пенсию получал? Сын и она являются членами семьи однозначно .

Так зарегистрированы вместе, значит одна семья. Дети обязаны содержать своих престарелых родителей. А его дети и ипотека никого не интересуют.

Можете в судебном порядке подтвердить, что находились на иждивении мужа, тогда ПФ назначит пенсию. А вот сможете ли вы это подтвердить в суде это не известно