чем отличаются друг от друга 406-й и 409-й ЗМЗ?

Писать долго. Читай---http://avtodvigateli.com/marki/otlichiya-zmz-405-i-406.html

Литражом

конструктивно - ничем. у 409 больше диаметр и ход поршня, и блок выше. ну и от этого еще некоторые изменения.