надо ли ставить резиновые заглушки на лонжероны???

С пенного пистолета

С одной стороны нет, чтобы влага испарялась. С другой да - чтобы влага не попадала. Хрен знает, как лучше...

В сухую погоду нужно вытаскивать, чтобы испарялась та влага, которая частично туда попала в дождь. Полной герметичности они всё равно не дадут.

Только там, где они предусмотрены.
Лонжерон, порог, должен вентилироваться.

пролить консервантом и забыть/забить