Был виновником мелкой аварии и ОСАГО подорожала... Два года ездил без ОСАГО вообще, ушли ли пеня?

Ушли, не ушли уже не имеет значения. Если есть пропуск срока оформления полиса ОСАГО больше 1 года, твой КБМ будет начальный как у новичка 1,то есть 3 класс.