Если в одном модуле по биологии стоит 2,но в году 3 могут ли не допустить к экзаменам огэ (9 класс)?

Допустят.
Порядок получения допуска к ОГЭ
Правила получения допуска к ОГЭ – это перечень условий, которые нужно выполнить ученику, чтобы иметь возможность подать заявление на прохождение четырех аттестационных экзаменов по программе общего среднего образования.

Перечень правил и исключений из них выглядит следующим образом:

■ученик не должен иметь академической задолженности ни по одному из предметов, изучаемых в школе;
■индивидуальный план следует выполнить в полном объеме и получить годовые отметки хотя бы на уровне тройки;
■на прохождение ОГЭ имеют право не только ученики, которые учатся по программе обычного школьного образования, но и те, кто изучал предметы на домашнем обучении или в рамках семейного образования, школьники, которые получили образование за границей, дети из семей беженцев или переселенцев. Такие ребята могут сдавать ОГЭ в качестве экстернов;
■от некоторых экзаменов, входящих в число ОГЭ, могут быть освобождены ученики, победившие в 2017/2018 учебном году на профильной олимпиаде, призеры таких олимпиад или члены команд, представлявших Российскую Федерацию на олимпиадах международного значения.
■Больше об ОГЭ-2018 здесь: https://ya2018.com/edu/dopusk-k-oge-2018/