если современные микроскопы не способны разглядеть атом во всей своей красе, то как люди увидели частицу нейтрино?

Так называемые пузырьковые камеры, современный вариант камер Вильсона, сцинтиляционные счетчики

Ответ прост. Его не видели. Его зарегистрировали. А вот атом как раз увидеть можно, благодаря тому, что он относительно неподвижен

1) Микроскоп не единственное средство, есть и другие.
2) Наука только тем и занята, что отделяет додумки от фактов. Это главный предмет её деятельности, для этого она выработала разные надежные методики. Гуглим "Научный метод".

В. Паули догадался в 1929 году. Всего известно 3 вида нейтрино. Название дал Энрико Ферми в 1934 году, чтобы исключить путаницу.

Счетчики частиц - автоматические приборы, которые позволяют узнать количество частиц в жидкости и классифицировать их по размерам. S-4031 Мультифункциональный