Если не надо редактировать, править, то можно в видеоконвертор закинуть все и во многих есть такая опция - Объединить все файлы в один. А в некоторых есть и еще и переходы настроить. В этом плане один из лучших TMPGEnc Video Mastering Works 6. Можно скачать триал, месяц попользоваться и потом удалить. TMPGEnc Video Mastering Works 5.0.6.38 с русиком можно найти в инете. Любимый конвертор.
Aiseesoft Video Converter Ultimate 9
DivX Converter