Как правильно написать "какими бы горькими они НЕ были или НИ были..."?
Чаще всего "НИ" перед "был" используется в таких сочетаниях как: "Кто бы ни был", "как бы ни был", "какой бы ни был", "с чем бы ни был", "у кого бы ни был", "когда бы ни был", "для чего бы ни был", "сколь бы ни был" и так далее. Примеры (с НЕ): "Он не был в Калифорнии, но скоро будет там". "Он никогда не был мудрецом". Примеры (с НИ): "Каков бы он ни был, старайтесь уважать его, так как он ваш родственник". "Где бы Кораблёв ни был, его всюду узнавали" (то есть Кораблёв бывал во многих местах, и это не отрицается). "Когда бы Андреев ни был в цирке, он никогда не был восхищён" (то есть Андреев не раз бывал в цирке (это утверждение), а вот восхищения не испытывал). Как видите, все зависит от контекста. В Вашем случае - скорее НИ, чем НЕ: "Какими бы горькими они НИ были (слова, лекарства и т. д..)"
ни
Какими бы горькими они ни были, не стоит за них переплачивать...
В придаточных предложениях с уступительными оттенком значения пишется НИ.
Зависит от контекста. В данном случае больше подходит "ни".