И то и другое растение относятся к голосеменным.
Голосеменные растения отличаются от покрытосеменных тем, что не имеют цветков, а значит и плодов... семена располагаются на чешуйках шишек открыто, они не защищены. Отсюда и название отдела.
Если с туей более менее понятно... у нее шишки вполне похожи на шишки хвойных растений. То у можжевельника на женских экземплярах (растение двудомное) шишки выглядят, КАК ягоды, и даже называются шишко-ягодами. Но это все-таки шишки... не ягоды! Чешуйки женских шишек мясистые, сочные, срастаются вместе, образуя шишко-ягоду.