Я бухгалтер. До меня бухгалтер, которая работала в фирме вбила в 1С Акт о аренде помещения.

а глазки где были когда принимали место.

Если оплатила другая фирма - должны быть какие-то основания для такого действия, договор какой-то или еще что-то, в холдингах любят делать такие штуки на "радость" бухгалтеру, раз уж этот факт свершился, спрашивайте у директора, почему так поступили, делайте проводки по взаиморасчетам

Попросите письмо у плательщика, что они оплатили по платежному поручению за такую-то организацию и откорректируйте в 1С на основании этого письма.

Все зависит от того, как в платежке от этой фирмы написано, если оплата за вашу организацию, то необходимо провести актом взаимозачета. Если платили сами за себя, то у вас необходимо сторнировать этот акт. В 1с такая возможность есть