Как декомпилировать обфусцированный код, чтобы получился чистый исходник? Java Android

Чистый не получится. Разве что в байт-коде сохранены оригинальные имена классов - для этого есть apktool. Остальное останется обфусцированным.

А вот рабочий (компилируемый) код сделать можно. Но это целая история, если приложение более-менее большое.
Я одновременно штук 10 декомпиляторов использовал.
Много возни и с библиотеками: их нужно не декомпилировать, а выкинуть, и заменить оригиналом в виде jar/исходника/зависимости, причем, должна быть правильная версия.
Часть ошибок можно исправить только вручную.

Задача совсем не для новичка.