Папок будет столько, сколько жёстких дисков в PC,то что подключалось через USB также будет создавать свою новую папку в расположении $RECYCLE.BIN
Можно всё удалить если удаляется, нужные папки Windows создаст сама при необходимости..
Вот и статья как исправить неправильную работу корзины на всякий...
http://win8talks.com/ispravlyaem-nepravilnuyu-rabotu-korziny-recycle-bin-v-windows-8-2733.html