в начале отпуска хотела уволится .отказали, сказали ждите окончания. правомерно ли это. и если есть номер документа

нет, неправомерно. Пишите заявление об увольнении еще в период отпуска, должны уволить и рассчитать в первый же день по окончании отпуска

нет, не правомерно. заявление об увольнении по собственному желанию вы можете подать когда угодно, не зависимо ни от каких отпусков, главное, чтобы подано оно было не позднее, чем за 2 недели до даты увольнения

За 14 дней до увольнения подаёте соответствующее заявление, на втором экз. делаете пометку о получении работодателем заявления, либо Почтой России направляйте, если отказываются брать заявление.

С начальством проще договариваться а не судиться.