Будут ли проблемы при регистрации автомобиля по фатку спец. Техника, автомобиль по СТС бортовой а он Самосвал?

Естественно.. но с пометкой проблем с эксплуатацией не будет!

Если нет разрешения на переоборудование и подтверждающих документов на его проведение, то по сути такой авто на учёт не поставить...