Если отключить и удалить медиатеку icloud, удаляться ли сами фотографии на iPad?

В чем проблема? Сделайте резервную копию и удалите медиатеку в облаке. Если что-то потеряете, всегда можно восстановить.
Вы удаляете галерею из облака, а не с устройства.