Почему в силовых структурах работники, не занятые оперативной работой, выходят на пенсию в 40-45?

потому что их увольняют по причине достижения предельного возраста службы

В основном, предельный возраст зависит от специального воинского звания. К примеру, ст. 16.1. ФЗ № 40 устанавливает предельный возраст для работников ФСБ:

Звание (Г – генерал) Макс. возраст, лет
Г армии, Г-полковник, адмирал 60
Г-лейтенант, Г-майор, контр-адмирал 55
Полковник, капитан 1, 2 и 3 ранга, подполковник, майор 50
Иное звание 45
Для женщин-сотрудниц ФСБ, вне зависимости от звания 45