Здравствуйте.
Пароль для внешних приложений нужен для того, чтобы Вы могли входить в почтовый ящик через сторонние приложения. Зная только такой пароль, войти в Почту через наши интерфейсы (web-версию, мобильные приложения и т. д.), а также поменять какие-либо настройки ящика будет невозможно. Более подробно об этом можно прочитать здесь:
https://help.mail.ru/mail-help/2auth/apps