Разные города в активности ВК

Это связано в тем, что серверы твоего провайдера расположены там. При подключении тебя подключают к одному из компьютеров, имеющему выход на магистраль. Допустим, ты используешь РТ, который имеет оптические каналы до сервера, который втыкается физически в магистраль, и расположен он будет в Краснодаре, Ростове, в Шахтах, или еще где. Для оптики неважно такое расстояние. Именно так подключаюсь и я, сидя в одном городе, моё GEOIP постоянно указывает на некие другие города, в которых есть мой провайдер и которые на данный момент менее загружены, или которым выделен мой IP адрес в своих таблицах и при маршрутизации. Это не показатель какого-то взлома, лишь показатель топологии локальных сетей и организации доступа у твоего провайдера.
А если учесть, что еще и провайдеры могут быть разными - сотовый оператор, кабельный оператор, скай-операторы. В общем, нужно больше информации.