Как сохранить видео без фона в формате webm?

В плеере он и будет чёрным, а в какой программе ты его смотришь нам неизвестно

Так во всех плеерах, будет чёрным. В редакторах будет видно что альфа канал.
При экспорте проекта в видеофайл выбрать формат WEBM.
Видеофутажи так и идут с альфа каналом. Можно скачать.

Такая же проблема, я для телеграм эмоджи делал и в телеге эмоджи с чёрным фоном остаётся

Для этого нужно выбрать программу-конвертер, которая позволяет сохранить альфа-канал(прозрачность) при сохранении итогового файла.

Одной из таких программ является - Honeycam.
Загрузив нужную анимацию или видео в программу, надо создать прозрачный фон.
Для этого, находясь во вкладке редактор, надо выбрать кнопку "Регулировки/Фильтры(F)".

В появившемся окне "Эффекты", выберите фильтр "Хромакей".
Затем разверните всплывающий элемент с надписью "Варианты цвета хромакея", нажав на стрелочку-кнопку рядом.

Далее, напротив фразы "Цвет хромакея", нажмите на цветной прямоугольник, и выберите цвет, на месте которого вы хотите получить прозрачность.

Так-же необходимо убрать галочку возле надписи " выбрать только соседние пиксели", иначе ничего не получится.

Под цветовой гаммой нажимаем на полоску в сторону увеличения цвета, чтобы как больше выбранного цвета, превратилось в прозрачный фон.
Затем нажимаем на кнопку "ОК".

В правом нижнем углу нажмите на кнопку "Сохранить".

В появившемся окне, справа, выберите под надписью "Сохранить как", формат WEbM.

Заодно чуть ниже, можно выбрать поменьше качество изображения(чтобы вес файла соответствовал требованиям стикеров под Телеграм-мессенджер).
Далее, справа от надписи "Сохранить как", нажмите на "значок изображающий шестеренку"

Появится окно "Настройки WebM".

Из списка "Выбрать видеокодек", выберите "VP9", именно этот формат кодека, полностью поддерживается в WebM.

Ниже, выберите самый главный пункт - Сохранить альфа-канал. И нажимаем "ОК"
Далее, снова появится окно "Сохранить". Там нажимаем на кнопку "Сохранить"., которая в самом низу окна.

В итоге, сохраненный файл в формате "webm", появится в указанной вами паке/пути. Этот файл, уже спокойно можно загружать как видео-стикер в мессенджер Telegram.

Формат WEBM, который экспортирует After Effects через Media Encoder (при установленном плагине WebM Premiere.msi), отображается с черным фоном во многих плеерах. Даже если этот файл снова поместить в After Effects он отображается с черным фоном. Но в Telegram такой файл будет без фона.

При экспорте важно установить галочку "Include Alpha Channel"