Что правильно-We are having a good time или we have a good time?

В данном случае нужно применить симпл.

Present Indefinite
Every time we visit Moscow we have a good time .
-----------
Present Continious ( в телеф разговоре или в открытке из Москвы)
We are having a good time in Moscow

Если человек беспокоится о том, что отдых и приятное времяпрепровождение скоро закончится, то он может использовать фразу We are having a good time
Если человек оптимист, и ему кажется, что приятное времяпрепровождение это навечно, то он может использовать фразу We have a good time
Ни первое, ни второе грамматикой не запрещено

Оба грамматически верны, но в разных контекстах. В вашем случае-Continuous

В данном случае Continuous, так как действие происходит именно сейчас, в текущий период времени, а не вообще/постоянно/обычно и т. д.