Почему на востоке Африки так много глубоководных озёр?

Это место разлома литосферных плит.

Озера Восточной Африки в массе своей -- тектонического происхождения. Великие озера порождены Великими разломами. Большинство этих озер лежит на дне рифтовых впадин, которые стали заполняться водой практически с момента своего возникновения (или, точнее, своего возрождения в результате новейших движений земной коры). ..Как правило, озера располагаются в сбросовых впадинах (грабенах) в ряд, одно за другим, образуя длинные цепочки или гирлянды.