Не только эти города самые крупные, а Тунис так и вовсе небольшой (см. здесь:
https://ru.wikipedia.org/wiki/Список_городов-миллионеров_Африки )
Северная Африка по побережьям и и на наветренных склонах гор плотно населена, потому что там здоровый климат и нет тропических инфекционных болезней, как к югу от Сахары. А города Египта из вашего списка, помимо того, находятся в древнейшем земледельческом регионе - долине Нила.