Санкт-Петербург - северо-восточная европа??

В физико-географическом смысле - Восточная, поскольку расположен на Восточно-Европейской равнине. А север Ленобласти, где начинается Балтийский щит, уже находится в Северной Европе, в пределах Фенноскандии.
Когда прочитал ваше определение "Северо-Восточная Европа", я первым делом подумал о республике Коми. Вот её с полным основанием можно так классифицировать.

Восточная Европа, независимо от точных координат расположения города.

Можно и так сказать.