Как правильно проверить имеется ли значение в БД?

SELECT желательно_числовое_поле_с_индексом_а_вообще_любое FROM таблица WHERE интересующее_поле = интересующее_значение LIMIT 1
- нет записей, значит нет значения.

Зависит от целей и задач.
Если нам надо просто сделать проверку, то желательно так, как говорит Альхебро.
А если задача заключается, скажем, в том, чтобы обновить какие-то данные или вставить запись, если таковой нет, и у нас Оракл, то прекрасно подойдет команда MERGE.

Ну тут тебе поможет фильтрация, я делаю это таким способом:
$st_search = "название базы данных. sql";
$st_strpos = "что нужно найти";
if (strpos(file_get_contents($st_search), $st_strpos))
#Тут должен быть блок кода
else
# тут тоже!