Вероятно, скрипт работает по UTC или в зоне со смещением 0.
1) см. либо в php.ini
http://php.net/manual/ru/datetime.configuration.php#ini.date.timezone2) в самом скрипте date_default_timezone_set( 'UTC' );
используй часовую зону Europe/Moscow
только убедись, что /etc/localtime (Ubuntu) ссылается куда надо и время на сервере точно верное, с учетом этой зоны.
Московское время как раз UTC+3