Работодателю не важно каким именно дистрибутивом linux я буду пользоваться ?

Думаю, что работодателю важнее то, чтоб ты выполнял то, что на тебя возложат. А как ты это будешь делать - другое дело.

Спроси у своего работодателя, а лучше внимательно изучи руководящие документы, типа инструкций по безопасности и т д.

Задай этот вопрос работодателю.
Он спросит: - А чё, Линухи разные бывают чёли?