Почему фраза "почему бы и нет" считается за согласие, и если сказать "почему бы и да", это тоже будет согласием?

Не совсем. "Давно этого не было" означает, что таких событий не происходило в течении долгого времени. А вот "давно это было" - означает, что конкретное данное событие, которое обсуждается, было давно, было ли что-то аналогичное после этого в расчёт не берётся. Например, если вы описываете конкретный случай, вы не говорите "давно этого не было", вы говорите "давно это было", а вот если говорите о каком-то явлении в целом, то применяете именно "давно этого не было". "Сегодня дождь пошёл. Давно его не было". "Как-то с другом встретился, давно это ещё было". Суть разная.