Joomla vs jQuery. Почему все работает, через танцы с бубном?

На счет подкатегории не уверен, но скорее всего сюда...
Начну по пунктам:
- Стоит задача написать хитрую страницу на давно действующем сайте на Joomla, шаблон не мой, правки не мои, так что куда именно копать угадать тяжело.
- Скрипты начинают работать, только после танца с бубном. А именно:
Подключение jQuery должно быть прописано в двух местах: в материале и либо в index.php шаблона, либо в пользовательском макете. Если оставить только в одном месте, то не работает.
Сам скрипт мне удалось запустить только из материала. Если не в материале его размещаю, то работать не хочет, пробовал даже полностью в index.php записывать, в исходном коде отображается, но не работает.
- А теперь вопрос: Почему как только я обращаюсь к библиотекам jQuery:
src="//yandex.st/jquery/3.3.1/jquery.min.js"
на странице перестают обрабатываться любые другие скрипты не находящиеся в материале?
Причем у меня есть подозрение, что мой скрипт не запускается из index.php как раз по тому, что ранее я обратился к jquery.

Понимаю, что всё это звучит как бред, да и понимаю, что дать ответ наугад сложно, но может как обычно подскажете направление куда двигаться.