почему когда накладываешь фильтр в фотошопе он перекрывает слой?

Но он и должен так делать, что ему, на задний фон лезть

Эээээээ.... А он что должен делать то?
Любой фильтр действует лишь в пределах слоя, в котором он применяется.
Что он может перекрывать?

а как еще он по твоему должен работать, чудо???

Сделай копию слоя и применяй к нему.

помести на нижний слой и не будет перекрывать

Для того, что бы он не перекрывал весь слой, существуют Маски.

А вам как надо? Он так и работает....