Могут ли изменить город вылета по чартерному рейсу? Или только аэропорт вылета.

не люблю самолеты

Город нет, только время вылета или редко аэропорт.
В крайнем случае, если какие-то большие проблемы или долго нелетная погода, то могут на автобусе отвезти в соседний город для вылета оттуда, но не за ваш счет.
Чартер гарантирует транспорт из города А в город Б.

Нет, время вылета могут менять

Да, иногда бывает такое. Так, например, аэропорт вылета или прилета острова Пхукет часто заменяют на Краби. А Краби в 4 часах езды от Пхукета, и находится на материке. Мы уже много раз так вылетали или прилетали. Но ничего, дорога как-то легко проходит, места в Краби очень живописные.

Да, могут, но это редко случается, только в силу каких-то непредвиденных обстоятельств.