А возможно скопировать код окна сюда -
https://jsfiddle.net/ ? Чтобы можно было воспроизвести...
Не бывает такого, чтобы невозможно было изменить. Значит куда-то не туда смотрите)
А создать окно - ага, например так:
https://jsfiddle.net/OPTlMUS/y0e5bp1r/z-index записан не от балды, это максимально возможный индекс в браузерах.
Проблема заключается в следующем:
innerHTML блока поменять не проблема и алертом он выдает нужное содержимое, но при этом текст в модальном окне уже не меняется. Судя по всему информация для его генерации отправляется раньше, чем меняется содержимое блока.
Понятно, что написать скрипт который вначале делает проверку, а потом создает модальное окно совсем не сложно, но у меня возникла мысль, может существует готовый вариант, на том же css3, а я о нем не знаю и начинаю изобретать велосипед, там где все решения уже готовы.
В голову лезут только какие-то совсем извращенные варианты, к примеру менять содержимое модального окна, при наведении на кнопку вызова, до ее клика, но это по-моему еще больший бред.