Как сделать бота в контакте майнкрафт сервер?

Вопрос слишком.. широк. Понять ничего нельзя вообще, а к серверу можно подключатся разными путями (и это всё зависит от конкретных целей).
Бота ВКонтакте теперь уже с новыми правилами адекватно можно сделать если он будет в группе (Callback API), а к серверу можно коннектится такими способами: классический RCON (выполнить команду), SSH (был плагин смешной), API от плагина.
Ну или же, если хочется чтобы бот в вк за тебя играл, то потребуется подключатся как клиент. Для этого есть mclib* (C++) и Prismarine (Node.JS).

Но вкратце, чтобы сделать бота для майнкрафт можно воспользоваться стандартными средствами PHP и этой (немного пришарпнутой) библиоткеой для RCON.

*github.com/plushmonkey/mclib