Если по простому, то индизайн ищет связи в нескольких местах, если там есть файлы с одинаковыми именами, то возможна путаница, что и происходит, видимо, у Вас
Исправить это можно четким структурированием файлов и некоторыми командами панели "Связи", например "Повторное создание связей с другой папкой"
Полное описание всех возможностей панели:
https://helpx.adobe.com/ru/indesign/using/graphics-links.html