Вообще то UEFI не оболочка BIOS, а совершенно другая система. А на установочную флешку записывается не образина сисемы целиком, а распакованная, где нет файлов, превышающих даже 1 гБ, так что всё прекрасно сочетается с FAT 32. А вот записывать образ на флешку лучше с помощью Rufus. Он сам выбирает формат в зависимости от варианта установки - в UEFI или в BIOS (Legacy). Инструкция
https://remontka.pro/rufus-3-bootable-usb/