Что делает файл DataStore.edb и разрешено его ли удалять?

Если Вы про файл в SoftwareDistribution - да можно, при отключенной службе обновления Windows.
Эта операция удалит журнал обновлений. Кст иногда рекомендуется это делать при неполадках этой службы.
Однако он снова будет создан при следующем запуске службы обновления. Есс-но без старых сведений.