Почему в raw в лайтруме тени черные?

Всё дело в разных алгоритмах демозаики. То есть то, как программа интерпретирует полученные исходные данные RAW-формата.

В превьюхе фотоаппарата Вы видите то, как выглядит картинка с никоновской демозаикой (по сути, вы смотрите на внутрикамерный jpg). Если вы хотите получить ИСХОДНИК RAW точно такой же, как внутрикамерный JPG, то вам нужно использоваться аналогичные алгоритмы демозаики. То есть - родной никоновский raw-конвертер.
Смысл понятен? Хотите получить цвета и света как на внутрикамерном jpg Никона, используйте родные программы от Никона, ибо только корпорация Никон знает собственные алгоритмы.

Если же Вы используете стороннее программное обеспечение (Lighroom, Capture One, ACR и т. д.), то исходник RAW всегда (абсолютно всегда, без исключений) будет выглядеть иначе, нежели внутрикамерный JPG.

Суть ясна? Хотите такие же исходники, как на фотоаппарате? Пользуйтесь родным ПО производителя фотоаппарата.
Однако, lighroom, adobe camera raw, capture one дают намного больше возможностей для обработки RAW. Нужно просто учиться это делать.

Если ваши манипуляции с raw-файлами дают результат ХУЖЕ, чем был внутрикамерный jpg, то это проблема не лайтрума, а вашей неопытности.

Исправить это просто, способа два
- скачать бесплатную и официальную программу для работы с NEF - Nikon Capture NX-D и инструкцию к ней.
- научиться пользоваться Lightroom и самостоятельно добиваться в нем нужного Вам результата, не используя предустановки камеры.
Если коротко, то суть проблемы такова, RAW это не стандартизированный формат и каждый производитель добавляет в него свои расширения по собственному усмотрению. В частности и информацию по настройке камеры. RAW конвертеры третьих производителей могут не полностью использовать эту информацию, а некоторые настройки просто не в состоянии интерпретировать правильно.
И да, увы, Вы неправильно понимаете и используете термин "динамический диапазон".