Куда пойти в магистратуру после бакалавра спорт. фак. ?

Магистратура - это вторая квалификационная степень высшего образования, и по логике и смыслу является повышением квалификации в той профессии, которая получена в бакалавриате. Так что, выбирать Вам ничего не приходится. Вы должны поступать на ту же или родственную специальность. Непрофильная магистратура по закону "Об образовании в РФ" не является вторым высшим образованием, да и вообще никаким образованием она не является, потому что непрофильная магистратура - бессмыслица.

Ядерная физика в МФТИ