Отличаются ли как-то по звучанию USB наушники от 3.5мм наушников?

Неа. Все зависит от конкретной реализации наушников, схемы, качества динамиков, звукового чипа, реализации ЦАП (часто встроенной в чип), качества провода и т. д. и т. п. А тип подключения - по сравнению с остальным - тьфу, мелочи=) Там же до конкретного преобразования идет "цифра", которая в основе будет без изменений (только упаковка для доставки будет в разной "обертке"). Но для ПК допустим, на USB проще "бороться" с наводками и шумами, от остальных компонентов ПК.
Причем даже на одном и том же или близком "железе" качество (в особенности у полуподвального и нонейм китая), качества болтается от "ужасного" до "приемлемого", а то и "условно хорошего".