Почему в бутылки напитки и воду наливают не под самое горлышко, а остаётся несколько сантиметров пустого места?

Много причин... Одна из них это деформация. Чтобы в упаковке большой, под собственным весом нижние слои не лопнули.
Для перепада температур и т. д.
Так же иногда там не воздух, а азот! Или другие газы. Чтобы вода не протухла, так сказать.
Когда открываешь, чтобы не пролить, так как давишь пальцами на бутылку.