С какой целью редко используемые флаги добавляют ни в саму целевую таблицу, а в таблицу связанную с ней?

Быстродействие снизится для небольшого процента запросов, когда понадобятся редко используемые данные (лишний запрос или более сложный запрос), но вырастет для большинства запросов, в которых эти данные не нужны (уменьшение объёма таблицы и пересылаемых данных). И тут надо смотреть на соотношение выигрыша и проигрыша.