Захожу в FileZilla, кидаю нужный мне плагин в папку plugins. Включаю сервер вижу что плагин не работает, захожу в папку plugins а его там и вовсе уже нет. Что я не так делаю?
Почему ты думаешь, что именно Filezilla их удаляет? Может быть, кладёшь их в другую папку, или сносит их антивирус на сервере (вряд ли, но мало ли, вдруг он у тебя под виндой)