Какой программой можно сравнить сожержимое двух дисков?

Total Commander отлично справится через синхронизацию директорий. То есть там есть анализатор и по файлнейму и по контенту (выставить нужные галочки). Выделит цветом отличия, а синхронизировать это уж на выбор.