Не правильно сортирует элементы? (Си программирование) Кушает два элемента.

Для сортировки диагонали НЕ НАДО создавать массив C.

for (int i = 3; i > 0; --i) {
for (int j = 0; j < i; ++i) {
if (B[j][j] > B[j + 1][j + 1]) {
float tmp = B[j][j];
B[j][j] = B[j + 1][j + 1];
B[j + 1][j + 1] = tmp;
}
}
}

И выводить результат надо ПОСЛЕ сортировки ОТДЕЛЬНЫМ циклом:

for (int i = 0; i < 4; ++i) {
printf("%f ", B[i][i]);
}

Но если тебе так хочется скопировать диагональ в C, то это делается ОДНИМ циклом:

for(int i = 0; i < 4; ++i) { C[i] = B[i][i]; }