mysqli_query($link, $query, MYSQLI_ASYNC);
MYSQLI_ASYNC позволяет выполнить запрос асинхронно, то есть php не будет ждать ответа, а продолжит выполнение скрипта. Еще по-моему таблица должна быть в InnoDB, так как при такой структуре при выполнении, например UPDATE будет блокироваться только строка, а не вся таблица.
Пример можете сами написать, в цикле добавьте данные в БД.
Также можно запустить многопоточный скрипт через pcntl_fork, логика следующая. Что вы запускаете один и тот же скрипт, но разными процессами, следовательно скрипт выполняется многопоточно.
Более подробно почитайте тут:
https://habr.com/ru/post/155377/https://habr.com/ru/post/278755/