Как удобней всего хранить файлы сайта?

Я создаю сайты в обычных редакторах. Когда мой сайт разрастается, и где нибудь (обычно в js) возникает ошибка, я начинаю ковырять директории, вспоминая где и что происходит в поисках нужной js функции которую нужно найти и исправить. Это очень утомительно, ведь при поиске нужного места приходится читать кучу безобразных файлов, с содержанием разных технологий - php, js, css, html и т. п.

Вот например, в десктопных приложениях все намного проще, ведь в конструкторах обычно у каждого объекта есть свойства событий, где указана процедура обработчик. Есть ли подобное для js?

1) Есть ли единая удобная структура хранения разноформатных файлов сайта?
2) Есть ли для сайтов удобный конструктор как для WinForms?