В какой ОС проще и понятнее структура системных папок, Виндовс или Линукс? Во всех Линуксах структура одинаковая?

"Во всех Линуксах" одинаковая, да!
хотя, правильнее написать "в GNU/Linux" ибо это одна и та же ОС, просто дистрибутивы разные. как, например, Zver-DVD и byKrolik - винда одна и та же, хоть и с разных дистрибутивов.
и да "Во всех Линуксах" структура ФС понятнее, правда лишь для тех, кто английсуий хотя бы в объёме "компьютерной грамотности" разумеет - названия системных каталогов это сокращения английских слов, отражающих назначение этого каталога.