Как мне правильнее будет сделать, хранить все столбцы в одной таблице или разделить на таблицы по категориям MySQL

Разделить по категориям.

1

Реляционная БД уместна если выборка по категориям будет быстрее чем по основной базе. Тут есть над чем подумать. =)
Иногда пары полей в основной базе достаточно чтобы все шустро работало.

Ответить на твой вопрос невозможно не зная бизнес-модели. Почитай что-нибудь умное про нормальные формы и нормализуй свою базу примерно до уровня DKNF - не ошибешься.