Это делается не так.
Выставляются направляющие. По направляющим картинка режется на фрагменты.
Редактируется изображение. Слои на результат не повлияют. У меня здесь, считая текстовые и корректирующие — штук пятнадцать Можно добавлять любое разумное количество.
Фрагменты после редактирования сохраняются в файлы.
В разных версиях по разному.
Думаю, в разных окнах работать параллельно будет неудобно работать.