В какой лучше программе делать модельки для unity?Именно модельки а не персов ну и персов тоже

Blender, Maya, 3DMax

Ну самое популярное 3DS MAX потом MAYA и Blender, есть еще ZBrush но это больше для скульпта персонажей

В любой, которую знаешь, которой владеешь. Создание моделек для игр имеет свою специфику, свои требования, свои ограничения. Прежде чем делать, поищите информацию на ЭТУ тему, в сети есть.